Скачать программу (правая кнопка — сохранить как) Дополнительное ПО, необходимое для корректной работы программы под Windows
Подбор оптимального растяжения сегмента сосуда («нормализация»)
Обзор современных методов вычислительной химии
Одно из наиболее востребованных применений суперкомпьютеров, особенно актуальное для современных молекулярных биофизиков, это различные методы вычислительной химии. Вычислительная химия («computational chemistry») — это термин, который аккумулирует в себе все компьютерные методы исследования процессов, протекающих на молекулярном уровне. Широкое распространение и развитие эти методы, поскольку все они достаточно затратны, получили только с появлением в мире свободных […]
Задача: адсорбция катионов на фосфолипидных мембранах из анионных липидов
Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствах мембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]
Pymol compilation with VMD Molfile plugins
Some distributives (gentoo, openSuse, etc.) contains default Pymol without vmd molfile plugins. By the way these plugins are essential because give an ability to open trj, xtc, cube and other different useful file formats. Here is step-by-step instruction to compile pymol-1.4.x on openSuse 12.1 but I suppose it might work on other distributives as well.
Инструкции по установке программы TRAX
Программа TRAX позволяет численно решать системы обыкновенных дифференциальных уравнений и визуализировать решение в виде графиков от времени либо траекторий на фазовой плоскости. Также программа позволяет численно решать системы разностных (дискретных) уравнений. Для уcтановки программы необходимо выполнить следующие действия: Установить интерпретатор языка Python и набор вспомогательных библиотек, входящих в состав Enthought Python Distribution (EPD). Скачать EPD […]
Using RESP with GAMESS-US and Firefly (PC-GAMESS)
To build topology for the new molecule partial charges for atoms should be determined. Working in OPLS force field big amount of atom types with predefined partial charges allows you to chose atom type for almost every atom of your «new» compound. But In rest force fields you have no choice except use quantum chemistry […]
Phase plane explorer
This small program named TRAX is capable of solving systems of ordinary differential equations and plotting the solution on a phase plane as well as function of time. The program is intended for educational purposes. See picture below for interface and capabilities overview as well as usage reference. The program runs on any Python-enabled platform, […]
plotting bifurcation diagram with pylab
Plotting bifurcation diagram of the following map using pylab
Python membrane generator for MD simulations
Download script: memgen-0.0.2.tar.gz System requirements: python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. Updates in new version (2016 sep): supports multi-residual lipids, numerates lipids correctly. If you are looking for topologies and structure files for lipids please read this post. The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other […]
Potential energy surface scanner
This python script is capable of generating a set of GAMESS input files for potential energy surface scanning. It needs a reference GAMESS input and XML file specifying degrees of freedom to scan. PES scan can be done using linear translations, and rotations of atomic groups. Translation vectors can be specified using pair of atoms […]
Метки
Последние записи
- MD Practice #1 — making toy force field
- Теория молекулярно-динамических расчетов (видео)
- Малый практикум по квантовой химии
- Compiling CP2K
- OPLS-AA patch for different types of molecules
- Reaction-diffusion systems in 2D space with python
- Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
- All-atom automatic OPLS-AA topology generator
- Scanning PES ab initio and in MM
- Quantum chemistry information page
Комментарии
- SergGep in Пример построения …
- web page in Теория молекулярно…
- sergey in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- 당진 스크… in Теория молекулярно…
- user in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- best menu price… in Теория молекулярно…
- Anggon Barua in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- colon cancer cu… in Теория молекулярно…
- game outsourcin… in Теория молекулярно…
- jvaldiviezo in All-atom automatic OPLS-AA topology…