Малый практикум по квантовой химии проводится для студентов-биофизиков 3го курса и других желающих. Ведущие: Алексей Нестеренко и Дмитрий Зленко. Место проведения: компьютерный класс корпуса ЛИК (Ленинские горы 1, корп. 12). Даты: 26-30 июня 2017 года Практикум призван обучить азам квантовой химии с нуля. Примерная программа: Работа в командной строке linux Работа в PyMOL: визуализация и редактирование молекулярных структур […]

continue reading.....

In this article we consider calculation of discrete Laplacian for 1D arrays using python/numpy/scipy. We introduce the sparse matrix technique that is rather efficient for computation of certain types of diffusion PDE.

continue reading.....

OPLS-AA topology generation is a very complex task because of huge amount of the atomtypes described this force field. The OPLS-AA force filed contains more than 800 atom types that is nevertheless not sufficient for describing all the diversity of chemical structures. Thus, as parameters for new chemical fragments appears in literature the atomtype database […]

continue reading.....

With QM software like GAMESS/Firefly it is possible to obtain much information about a molecule in text format. There exist some «envelope» software like Gabedit or WxMacMolPlt that could help you to visualize this information. Here we provide some instructions that will allow you to make your own visualization using powerful abilities of PyMol. Below […]

continue reading.....

Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствах мембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]

continue reading.....

Для изготовления нанотрубки и визуализации НМ вам понадобятся PyMOL и два скрипта для него: Генератор НТ: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py Визуализатор нормальных мод: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/nmgen.py Скрипты нужно скачать и запустить из PyMOL. Например: $ wget http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py $ pymol PyMOL> run ./ntgen.py На наших машинах PyMOL и соответствующие скрипты у студентов установлены. Создание нанотрубки: PyMOL> ntgen nanotube, N, M, L, […]

continue reading.....

Методы молекулярного моделирования в настоящее время стали незаменимым инструментом изучения биомолекул, позволяющим решать широкий класс задач, зачастую недоступных экспериментальным методам. Методы молекулярного моделирования широко используются для исследования структурно-функциональных взаимосвязей в биомолекулах, поиска новых лекарств, исследования свойств отдельных молекул и их ансамблей, в том числе липидных мембран. В рамках задачи вы ознакомятесь с теоретическими основами и […]

continue reading.....