This script allows one to visualize normal modes, calculated with GROMACS package, using PyMol. In particular the script loads Hessian matrix from an .mtx file produced by Gromacs, solves for it’s eigenvectors and eigenvalues and prints them out, and finally produce several frames corresponding to selected vibrational mode. See related media in the end of […]
Normal modes visualization for PyMol
Nanotubes generating script for PyMol
The script generates nanotubes of arbitrary structure. See related media in the end of the page. To use it, save script to some file, then load into PyMol with the command: PyMol> run /path/to/script.py then issue the command: PyMol> ntgen obj_name, n, m, l This will produce an object «obj_name», containing SWNT characterized by two […]
Visual approach to construction of &QMMM section of CP2K input file
The script is intended to be used from PyMol molecular visualization system and allows one to generate &QM_KIND, &LINK and &CELL parts of CP2K input easily. Given a molecular object name and QM part selection name (which can be defined using either approach available in PyMol) it generates output file with corresponding input groups. To […]
Gaussian Cube files loader
This Python module parses Gaussian cube files, produced by quite a few QM software packages, and makes volume data available as numpy array as well as some associated properties. Look at this example for api reference: Here is the module, save it as «load_cube.py» for use as in the previous example:
Инструментальный психокинез и предвидение
В 1967 году Хельмут Шмит в исследовательской лаборатории Boeing поставил ряд экспериментов, посвященных предвидению и психокинезу (анонс). Суть его экспериментальной установки заключалась в следующем: человеку предлагалось мысленно воздействовать на связанную систему электронного генератора случайных чисел (ЭГСЧ) и на процесс радиоактивного распада. ЭГСЧ выдавал серию чисел от 1 до 4 с частотой 100 МГц. Счетчик Гейгера […]
Нанопрактикум
Для изготовления нанотрубки и визуализации НМ вам понадобятся PyMOL и два скрипта для него: Генератор НТ: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py Визуализатор нормальных мод: http://erg.biophys.msu.ru/~piton/nmgen.py Скрипты нужно скачать и запустить из PyMOL. Например: $ wget http://erg.biophys.msu.ru/~piton/ntgen.py $ pymol PyMOL> run ./ntgen.py На наших машинах PyMOL и соответствующие скрипты у студентов установлены. Создание нанотрубки: PyMOL> ntgen nanotube, N, M, L, […]
Характеристики фосфолипидов
DSPC2: латеральная сжимаемость (гель) — 1.82·10-3 дин/см, площадь липида (гель) — 54.7 ?2, POPE1,3: температура фазового перехода — 10-20°C, площадь липида в ж/к фазе — 56.6 ?2, толщина бислоя — 41.8 ?, DPPS4,5,6: площадь на липид (ж/к) — 45-55 А2; температура ф.п — 329K; Список ссылок: Chantal Par? and Michel Lafleur, Polymorphism of POPE/Cholesterol System: […]
Большой практикум лаборатории
Методы молекулярного моделирования в настоящее время стали незаменимым инструментом изучения биомолекул, позволяющим решать широкий класс задач, зачастую недоступных экспериментальным методам. Методы молекулярного моделирования широко используются для исследования структурно-функциональных взаимосвязей в биомолекулах, поиска новых лекарств, исследования свойств отдельных молекул и их ансамблей, в том числе липидных мембран. В рамках задачи вы ознакомятесь с теоретическими основами и […]
Метки
Последние записи
- MD Practice #1 — making toy force field
- Теория молекулярно-динамических расчетов (видео)
- Малый практикум по квантовой химии
- Compiling CP2K
- OPLS-AA patch for different types of molecules
- Reaction-diffusion systems in 2D space with python
- Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
- All-atom automatic OPLS-AA topology generator
- Scanning PES ab initio and in MM
- Quantum chemistry information page
Комментарии
- SergGep in Пример построения …
- web page in Теория молекулярно…
- sergey in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- 당진 스크… in Теория молекулярно…
- user in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- best menu price… in Теория молекулярно…
- Anggon Barua in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- colon cancer cu… in Теория молекулярно…
- game outsourcin… in Теория молекулярно…
- jvaldiviezo in All-atom automatic OPLS-AA topology…