ERG Research Group

Лаборатория теоретической биофизики

Lipid membrane MD modeling with GROMACS

Published in Октябрь 20th, 2014
Posted by in Без рубрики
4 Comments

(ATTENTION! MATERIAL UPDATED!) For lipid bilayer modelling the whole toolchain was built: from creating membranes to MD trajectory analysis. We use OPLS-AA forcefield with Berger potentials for alcane dihedrals integrated. Addings to OPLS-AA Forcefield. We use OPLS-AA with some includings; «includings» are overlays on the standart GROMACS forcefield files. Patch for GROMACS OPLS-AA forcefield  is […]

continue reading.....

Задача: адсорбция катионов на фосфолипидных мембранах из анионных липидов

Published in Апрель 8th, 2013
Posted by in Без рубрики
No Comments

Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствах мембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]

continue reading.....

Python membrane generator for MD simulations

Published in Ноябрь 29th, 2011
Posted by in Без рубрики
4 Comments

Download script: memgen-0.0.2.tar.gz System requirements: python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. Updates in new version (2016 sep): supports multi-residual lipids, numerates lipids correctly. If you are looking for topologies and structure files for lipids please read this post. The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other […]

continue reading.....