This task is devoted to introduce GROMACS notation for force fields. We build the model of hydrazine molecule, introducing lone electron pair as an artificial atom. We set molecular conformations with pairs or by defining dihedral potential. Varying dihedral potentials or pairs we obtain different equilibrium conformations of hydrazine.

continue reading.....

В данном материале публикуется указатель на видеозаписи первой версии теоретической части курса «Теория и практика молекулярно-динамических расчетов», прочитанного А. Нестеренко и Д. Зленко для магистрантов 2го года кафедры биофизики биологического факультета МГУ. В курсе излагаются теоретические основы проведения и обработки молекулярно-динамических расчетов. Материал достаточно сложный и не рекомендуется тем, кто хочет ознакомиться с тем, что […]

continue reading.....

Малый практикум по квантовой химии проводится для студентов-биофизиков 3го курса и других желающих. Ведущие: Алексей Нестеренко и Дмитрий Зленко. Место проведения: компьютерный класс корпуса ЛИК (Ленинские горы 1, корп. 12). Даты: 26-30 июня 2017 года Практикум призван обучить азам квантовой химии с нуля. Примерная программа: Работа в командной строке linux Работа в PyMOL: визуализация и редактирование молекулярных структур […]

continue reading.....

On this page we collect references to our resources, documentation and resources on other sites. All these data are very helpful for everybody who wants to learn practical quantum chemistry.

continue reading.....

Задача направлена на знакомство с азами методов молекулярного моделирования. Основной ее целью является знакомство студентов с методом молекулярной динамики на примере пакета программ GROMACS и освоение ими базовых операций, необходимых для успешной постановки молекулярно-динамических расчетов, а также обработки и визуализации полученных данных. Объектом исследования в рамках задачи был выбран случайный полипептид, состоящий из 7-ми аминокислотных […]

continue reading.....

Построение лицеприятных графиков в matplotlib сопряжено с рядом технических трудностей. Для того, чтобы график был хорошо читаем приходится настраивать большое количество параметров, как то шрифт подписей, толщину линий ошибки, легенду, частоту подписей осей, шаг сетки и многое другое. В данной статье подробно разбирается построение одного графика, на примере которого Вы можете составить свой собственный скрипт.

continue reading.....

Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствах мембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]

continue reading.....

Программа TRAX позволяет численно решать системы обыкновенных дифференциальных уравнений и визуализировать решение в виде графиков от времени либо траекторий на фазовой плоскости. Также программа позволяет численно решать системы разностных (дискретных) уравнений. Для уcтановки программы необходимо выполнить следующие действия: Установить интерпретатор языка Python и набор вспомогательных библиотек, входящих в состав Enthought Python Distribution (EPD). Скачать EPD […]

continue reading.....

Plotting bifurcation diagram of the following map using pylab

continue reading.....

Методы молекулярного моделирования в настоящее время стали незаменимым инструментом изучения биомолекул, позволяющим решать широкий класс задач, зачастую недоступных экспериментальным методам. Методы молекулярного моделирования широко используются для исследования структурно-функциональных взаимосвязей в биомолекулах, поиска новых лекарств, исследования свойств отдельных молекул и их ансамблей, в том числе липидных мембран. В рамках задачи вы ознакомятесь с теоретическими основами и […]

continue reading.....