The manual to FireFly program clearly explain why and how to use spherical or cartesian functions when working with different basis sets. Here we publish this part of manual. The fresh and whole manual you can find at the FireFly website, it is free for download and is very useful for both Firefly users and […]
Using spherical functions (from A.Granovsky manual)
Малый практикум по молекулярной динамике
Задача направлена на знакомство с азами методов молекулярного моделирования. Основной ее целью является знакомство студентов с методом молекулярной динамики на примере пакета программ GROMACS и освоение ими базовых операций, необходимых для успешной постановки молекулярно-динамических расчетов, а также обработки и визуализации полученных данных. Объектом исследования в рамках задачи был выбран случайный полипептид, состоящий из 7-ми аминокислотных […]
Пример построения графика в matplotlib
Построение лицеприятных графиков в matplotlib сопряжено с рядом технических трудностей. Для того, чтобы график был хорошо читаем приходится настраивать большое количество параметров, как то шрифт подписей, толщину линий ошибки, легенду, частоту подписей осей, шаг сетки и многое другое. В данной статье подробно разбирается построение одного графика, на примере которого Вы можете составить свой собственный скрипт.
Обзор современных методов вычислительной химии
Одно из наиболее востребованных применений суперкомпьютеров, особенно актуальное для современных молекулярных биофизиков, это различные методы вычислительной химии. Вычислительная химия («computational chemistry») — это термин, который аккумулирует в себе все компьютерные методы исследования процессов, протекающих на молекулярном уровне. Широкое распространение и развитие эти методы, поскольку все они достаточно затратны, получили только с появлением в мире свободных […]
Pymol compilation with VMD Molfile plugins
Some distributives (gentoo, openSuse, etc.) contains default Pymol without vmd molfile plugins. By the way these plugins are essential because give an ability to open trj, xtc, cube and other different useful file formats. Here is step-by-step instruction to compile pymol-1.4.x on openSuse 12.1 but I suppose it might work on other distributives as well.
Using RESP with GAMESS-US and Firefly (PC-GAMESS)
To build topology for the new molecule partial charges for atoms should be determined. Working in OPLS force field big amount of atom types with predefined partial charges allows you to chose atom type for almost every atom of your «new» compound. But In rest force fields you have no choice except use quantum chemistry […]
Python membrane generator for MD simulations
Download script: memgen-0.0.2.tar.gz System requirements: python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. Updates in new version (2016 sep): supports multi-residual lipids, numerates lipids correctly. If you are looking for topologies and structure files for lipids please read this post. The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other […]
Инструментальный психокинез и предвидение
В 1967 году Хельмут Шмит в исследовательской лаборатории Boeing поставил ряд экспериментов, посвященных предвидению и психокинезу (анонс). Суть его экспериментальной установки заключалась в следующем: человеку предлагалось мысленно воздействовать на связанную систему электронного генератора случайных чисел (ЭГСЧ) и на процесс радиоактивного распада. ЭГСЧ выдавал серию чисел от 1 до 4 с частотой 100 МГц. Счетчик Гейгера […]
Характеристики фосфолипидов
DSPC2: латеральная сжимаемость (гель) — 1.82·10-3 дин/см, площадь липида (гель) — 54.7 ?2, POPE1,3: температура фазового перехода — 10-20°C, площадь липида в ж/к фазе — 56.6 ?2, толщина бислоя — 41.8 ?, DPPS4,5,6: площадь на липид (ж/к) — 45-55 А2; температура ф.п — 329K; Список ссылок: Chantal Par? and Michel Lafleur, Polymorphism of POPE/Cholesterol System: […]
Метки
Последние записи
- MD Practice #1 — making toy force field
- Теория молекулярно-динамических расчетов (видео)
- Малый практикум по квантовой химии
- Compiling CP2K
- OPLS-AA patch for different types of molecules
- Reaction-diffusion systems in 2D space with python
- Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
- All-atom automatic OPLS-AA topology generator
- Scanning PES ab initio and in MM
- Quantum chemistry information page
Комментарии
- SergGep in Пример построения …
- web page in Теория молекулярно…
- sergey in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- 당진 스크… in Теория молекулярно…
- user in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- best menu price… in Теория молекулярно…
- Anggon Barua in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- colon cancer cu… in Теория молекулярно…
- game outsourcin… in Теория молекулярно…
- jvaldiviezo in All-atom automatic OPLS-AA topology…