Задача направлена на знакомство с азами методов молекулярного моделирования. Основной ее целью является знакомство студентов с методом молекулярной динамики на примере пакета программ GROMACS и освоение ими базовых операций, необходимых для успешной постановки молекулярно-динамических расчетов, а также обработки и визуализации полученных данных.

Объектом исследования в рамках задачи был выбран случайный полипептид, состоящий из 7-ми аминокислотных остатков, индивидуально сгенерированный каждым из студентов. На примере модельного полипептида будут освоены следующие операции:

  1. Создание молекулярной модели;
  2. Оптимизация геометрии системы;
  3. Расчет молекулярной динамики;
  4. Анализ полученных траекторий и построение графиков.

Кроме элементарных навыков по моделированию методом молекулярной динамики в ходе работы студенты знакомятся со связкой ipython+numpy+matplotlib, мощным инструментом математической обработки, пригодным для быстрой работы с большими массивами числовых данных.

Версия 214 года: Методичка практикума

Версия 2011 года: Методичка практикума (старая)