Задача направлена на знакомство с азами методов молекулярного моделирования. Основной ее целью является знакомство студентов с методом молекулярной динамики на примере пакета программ GROMACS и освоение ими базовых операций, необходимых для успешной постановки молекулярно-динамических расчетов, а также обработки и визуализации полученных данных.
Объектом исследования в рамках задачи был выбран случайный полипептид, состоящий из 7-ми аминокислотных остатков, индивидуально сгенерированный каждым из студентов. На примере модельного полипептида будут освоены следующие операции:
- Создание молекулярной модели;
- Оптимизация геометрии системы;
- Расчет молекулярной динамики;
- Анализ полученных траекторий и построение графиков.
Кроме элементарных навыков по моделированию методом молекулярной динамики в ходе работы студенты знакомятся со связкой ipython+numpy+matplotlib, мощным инструментом математической обработки, пригодным для быстрой работы с большими массивами числовых данных.
Версия 214 года: Методичка практикума
Версия 2011 года: Методичка практикума (старая)