Малый практикум по квантовой химии проводится для студентов-биофизиков 3го курса и других желающих.
Ведущие: Алексей Нестеренко и Дмитрий Зленко.
Место проведения: компьютерный класс корпуса ЛИК (Ленинские горы 1, корп. 12).
Даты: 26-30 июня 2017 года
Практикум призван обучить азам квантовой химии с нуля. Примерная программа:
- Работа в командной строке linux
- Работа в PyMOL: визуализация и редактирование молекулярных структур
- Форматы струкутр: описание и конвертирование
- Работа в пакете Firefly v8
- Основные типы расчетов: single-point, оптимизация геометрии, расчет гессиана, расчет возбужденных состояний, сканирование ППЭ
- Работа в делокализованных координатах. Координаты Z-матрицы.
- Сканирование ППЭ по выделенной координате с релаксацией
- Использование точечной группы симметрии для оптимизации расчетов
Каждый студент должен выбрать себе молекулу для работы. Ее размер не должен превышать 60 атомов. Желательно проявить химическое разнообразие. В случае, если молекула полностью ассиметрична, необходимо выбрать вторую симметричную молекулу. Молекулы не должны повторяться.
По вопросам участия обращайтесь к Алексею Нестеренко (comconadin [at] gmail [dot] com).
Примеры отчетов с практикума прошлого года: